Manter em funcionamento um hospital de alta complexidade, 100% SUS, com milhares de crianças atendidas por ano é um desafio gigantesco. O trabalho demanda um alto custo operacional (o déficit chega a mais de R$ 1 milhão mensal para manter todos os serviços plenamente funcionando), além de investimentos adequados e precisos em equipamentos e projetos em vários níveis de atenção médica e de assistência.
Este objetivo só é possível de ser alcançado, em grande parte, por meio de parcerias com empresas e instituições que enxergam a importância do Martagão e encontram maneiras estratégicas e criativas de conectar o seu negócio e o seu público ao Hospital, ao passo que constroem sua imagem de responsabilidade social perante a sociedade baiana, que reconhece e privilegia o esforço de cada ação beneficente realizada.